En octubre de 2007, la Comisión inició una investigación formal sobre una disposición de la Ley del Impuesto sobre Sociedades española al sospechar que daba ventaja a las empresas españolas que compraban empresas extranjeras. El artículo 12, apartado 5, de esta ley establece que las empresas españolas pueden amortizar el «fondo de comercio financiero» que resulta de la adquisición de participaciones mayores al 5 % en empresas extranjeras durante los veinte años siguientes a la adquisición.
Por regla general, la amortización del fondo de comercio en fusiones completas está permitida, aunque no se puede discriminar entre empresas extranjeras y nacionales. Dado que la las disposiciones españolas permitían la amortización sólo para la adquisición de empresas extranjeras, éstas fueron objeto de diversas denuncias y preguntas por parte de los miembros del Parlamento Europeo.
En 2009 la Comisión concluyó que el régimen constituye ayuda estatal porque trata de manera más favorable a las empresas españolas en otros Estados miembros que en transacciones 100 % españolas sin razón objetiva. La Comisión mantuvo abierta la investigación en lo concerniente a la adquisición en países de fuera de la UE para analizar los supuestos elementos de prueba que España se comprometió a presentar sobre los obstáculos a las combinaciones transfronterizas entre empresas. El resultado fue que España dejó de aplicar la medida en las adquisiciones en otros Estados de la UE.
España alegó que la medida se tomaba para compensar otros obstáculos fiscales a los que se enfrentaban las empresas adquirientes en los países fuera de la UE, sin embargo la Comisión, una vez analizada la legislación de los principales terceros países, no ha encontrado tales obstáculos, por lo que ha decidido la derogación de dicha disposición y la recuperación de las ayudas concedidas bajo este concepto desde el principio de la investigación de la UE en 2007, con excepción de los países en los que se ha demostrado o se puede demostrar (India y China) la existencia de tales obstáculos (como por ejemplo, la prohibición de fusiones jurídicas transfronterizas).